Παράλληλα με τα θεσμοθετημένα εργαστήρια, στο ΤΜΣ ενεργοποιούνται επίσης εξειδικευμένες ερευνητικές ομάδες και διεπιστημονικές πρωτοβουλίες, με τη συμμετοχή μελών ΔΕΠ, ειδικού διδακτικού / εργαστηριακού προσωπικού καθώς και φοιτητών/τριων του Τμήματος.
- Ομάδα Υπολογιστικής και Γνωσιακής Μουσικολογίας (C.C.M.)
- Ομάδα Κριτικής Μουσικής Ιστοριογραφίας (Critical Music Histories)
- Ομάδα Πειραματικής Καλλιτεχνικής Έρευνας (noise:muse)
- Ομάδα Καλλιτεχνικής Έρευνας Μουσικής Τεχνολογίας (smART)
- Ομάδα Παλαιογραφίας Βυζαντινής Μουσικής
- Αρχείο Μουσικής Εικονογραφίας και Φιλολογικών Πηγών
- C.A.L.M. – Κοινοτική Δράση στη Μάθηση της Μουσικής
- C.R.E.A.M. – Δημιουργικές Συναντήσεις Τέχνης και Μουσικής